ويعد الايغور من أقوى وأكبر القبائل التركية التي كانت تعيش في آسيا الوسطى، وخلال الفترة 460 إلى 565 للميلاد، عاش الايغوريون في حكم اتحادي عرف باسم الروران، وبعدها حكموا من قبل الهون البيض، ثم ضمهم الملك خانات الجوك تركيين الى ملكه، وفي عام 744 تمكن الايغوريون من الإطاحة بإمبراطورية الجوك تركيه، وأقاموا مملكتهم من بحر قزوين حتى منشوريا شرقا، وقد استمرت مملكتهم حتى عام 840.
وتلى ذلك تاريخ طويل من الحروب والمجاعات والصراعات، حتى عام 1209 عندما غزى جنكيز خان بلادهم، فهاجر بعضهم إلى كازاخستان واعتنقوا الدين الإسلامي، وبقي بعضهم في تركستان الشرقية.
وقد تعرض الايغوريون لسلسلة طويلة من أعمال القتل، ففي عام 1873 تم قتل زهاء مليون مسلم منهم في مواجهات مسلحة في عهد أسرة كينج، وبعد إعلان قيام جمهورية الصين الشعبية واستيلاء النظام الشيوعي على الحكم بقيادة ماوتسي تونج، تم إلغاء استقلال هذا الإقليم وجرى ضمه للصين وتفريغه من سكانه من المسلمين، والتضييق عليهم في عباداتهم ومظاهرهم الدينية ومنع استخدام اللغة العربية، كما تم قتل أعداد كبيرة منهم.
و في عام 1962 اندلعت ثورة لايغوريين هناك، وقد لجأت القوات الصينية إلى قمع تلك الثورة وتشريد عدد كبير منهم.
ومنذ ذلك التاريخ ، كان إقليم تركستان الشرقية، يواجه بعض القلاقل والصراعات من وقت إلى آخر، وفي شهر حزيران 2009 قتل أكثر من 20 شخصا في أعمال عنف حدثت في احد مصانع الألعاب على يد متطرفين صينيين من الهان، وفي الخامس من تموز لعام 2009 خرج أكثر من 10 ألاف متظاهر للمطالبة بمعاقبة المسئولين عن تلك الأحداث، مما أدى إلى اندلاع موجة جديدة من العنف والقتل.
